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wdl脚本实战

标签:   java

     教程:https://github.com/openwdl/wdlwdl概述:每个wdl脚本包含一个workflow,每个workflow包含多个task,通过调用task执行命令。适合于流程化的多个步骤,例如后一个步骤依赖前一个步骤的产生结果。

     该工作流描述语言(WDL)是指定数据处理与人类可读且可写的工作流的语法的方式。WDL使定义复杂的分析任务,在工作流中将它们链接在一起并使其执行并行化变得很简单。该语言使常见的模式易于表达,同时也允许不常见或...

      作为pytest-wdl的依赖项自动安装 JAR文件Cromwell服务器:在服务器模式下远程运行的任何Cromwell实例 JAR文件 基于Java的工作流引擎(例如Cromwell和dxWDL)需要Java运行时(通常为1.8+) 如果您的WDL任务依赖于...

      FreshWDL是WDL(在Flash上​​运行)的轻量级纯JavaScript替代方案。 这使用户几乎可以从任何设备和平台访问它。 目前,它仍然很简单,几乎没有可定制性,但是只要有兴趣和支持,它就能走很长一段路! 请通过以下...

     Sublime Text Editor和VS Code的语法此存储库支持 , 和的 。安装:崇高文字: 通过为Sublime安装软件包管理器。... 搜索“ WDL语法”,然后按Enter 。Visual Studio程式码: 转到扩展,搜索WDL语法荧光笔并安装!

     软件介绍: DynaDoc Reader能够阅读WDL/WDF格式的文件,支持图像/文字平滑化。WDL是一种比较特殊的文档格式,一些国内的图书馆图书会使用此格式进行存储,而要打开这种格式的文档,就需要安装这个阅读器。

     Regenie_WDL 这是再生的工作流程。 regenie: ://rgcgithub.github.io/regenie/ 步骤1和步骤2使用带有已安装Boost Iostream编译的regenie的docker映像: : 其他任务使用官方R docker镜像: :

     所谓管道,我们指的是把任务链接在一起,形成复杂的管道。 1 简单连接 此时,您知道如何在工作流脚本中包含多个任务。如果您在有关变量的部分中注意,您甚至知道如何将一个任务的输出连接到下一个任务的输入。...

     WDL (一个workflow description language)+ Cromwell(an execution engine that can run WDL scripts)是目前可以更好使用GATK的一套工具。这里学习wdl的快速入门教程。 WDL是一种流程编写语言,没有太多复杂的...

     WDL Scala工具 用于解析库,以及用于类型检查,代码格式化等的命令行工具。 抽象语法树(AST) wdlTools.syntax包为WDL实现了 。它使用最初由创建的OpenWDL 。 当前,已完全支持WDL draft-2、1.0、1.1和development...

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