教程:https://github.com/openwdl/wdlwdl概述:每个wdl脚本包含一个workflow,每个workflow包含多个task,通过调用task执行命令。适合于流程化的多个步骤,例如后一个步骤依赖前一个步骤的产生结果。
教程:https://github.com/openwdl/wdlwdl概述:每个wdl脚本包含一个workflow,每个workflow包含多个task,通过调用task执行命令。适合于流程化的多个步骤,例如后一个步骤依赖前一个步骤的产生结果。
WDL是定义组织任务与工作流的一种语言,主要面向生物信息/基因组学等领域。Cromwell 是WDL语言的任务管理引擎, 在 BSD 3-Clause 许可下开源。
HPP生产流程 该存储库保存了使用的生产工作流的WDL工作流和Docker构建脚本。 开发中 当前,此存储库正在开发中。 四个质量控制工作流程具有以下实现: BUSCO Quast Dipcall Merqury
该工作流描述语言(WDL)是指定数据处理与人类可读且可写的工作流的语法的方式。WDL使定义复杂的分析任务,在工作流中将它们链接在一起并使其执行并行化变得很简单。该语言使常见的模式易于表达,同时也允许不常见或...
WDL 定义了一个可执行的流程,它由call调用的一系列task组成,task 是一个模块化的一系列命令,可以复用,由call 语句调用在workflow block里面。task本身定义在外围,它可以import,建议这么书写,增加可保护性。...
作为pytest-wdl的依赖项自动安装 JAR文件Cromwell服务器:在服务器模式下远程运行的任何Cromwell实例 JAR文件 基于Java的工作流引擎(例如Cromwell和dxWDL)需要Java运行时(通常为1.8+) 如果您的WDL任务依赖于...
工作流程描述语言(WDL) 工作流描述语言(WDL)是一种使用人类可读和可写的语法指定数据处理工作流的方法。 WDL使定义复杂的分析任务,将它们链接到工作流中以及并行执行它们变得很简单。 该语言使常见的模式易于...
FreshWDL是WDL(在Flash上运行)的轻量级纯JavaScript替代方案。 这使用户几乎可以从任何设备和平台访问它。 目前,它仍然很简单,几乎没有可定制性,但是只要有兴趣和支持,它就能走很长一段路! 请通过以下...
Sublime Text Editor和VS Code的语法此存储库支持 , 和的 。安装:崇高文字: 通过为Sublime安装软件包管理器。... 搜索“ WDL语法”,然后按Enter 。Visual Studio程式码: 转到扩展,搜索WDL语法荧光笔并安装!
sha256-wdl 一个简单的WDL工作流程,用于测试和演示。
WDL 查看器这是世界数字图书馆图书浏览器的开源版本:例如先决条件和注意事项罗盘: gem install --user-install compass --preJSHint:见 我们不复制 OpenSeadragon 精灵:external/openseadragon 是一个 git 子...
python库。 资源全名:wdl-lsp-0.0.54.tar.gz
2b2t-wdl 有组织的2b2t世界下载集合 计数 世外桃源-0 虚空-0 结束-0 学分 超越世界 2020年8月17日-jumboman32 下界 05.15.2019-TheLampGod
DynaDoc Free Reader(WDL文件阅读器)是一款非常好用的wdl阅读器,该阅读器不仅拥有友好的操作界面,而且还是中文版的,支持浏览PDF、PDG、WDL这三种文件格式,感兴趣的可以下载试试! 基本介绍: WDL文件阅读器...
软件介绍: DynaDoc Reader能够阅读WDL/WDF格式的文件,支持图像/文字平滑化。WDL是一种比较特殊的文档格式,一些国内的图书馆图书会使用此格式进行存储,而要打开这种格式的文档,就需要安装这个阅读器。
PDF、PDG、WDL三合一阅读器其实就是把PDF、PDG、WDL 三个阅读器集合到一起,而且是绿色的.这样可以方便大家阅读不同格式的文档而用不到处找阅读器
Regenie_WDL 这是再生的工作流程。 regenie: ://rgcgithub.github.io/regenie/ 步骤1和步骤2使用带有已安装Boost Iostream编译的regenie的docker映像: : 其他任务使用官方R docker镜像: :
workflow.wdl
cd /opt/code/oqfe_wdl id=$(curl -X POST --header "Accept: application/json" -v "localhost:8000/api/workflows/v1" -F [email protected] -F workflowInputs=@tests/testinstance.json | jq -r ".id") ...
java -jar cromwell.jar run crosscheckFingerprints.wdl --inputs inputs.json 输入项 必需的工作流程参数: 参数 值 描述 inputs 数组[文件] 要指纹的SAM / BAM / VCF文件列表。 haplotypeMapFileName 串 列...
元基因组装配WDL工作流程,用于元基因组装配Python脚本可在非冗余基因目录和MAGS之间生成映射WDL工作流程简介该管道将执行; 使用Trim Galore和Kneaddata预处理读取Megahit的元基因组学组装基因预测对重叠群的...
所谓管道,我们指的是把任务链接在一起,形成复杂的管道。 1 简单连接 此时,您知道如何在工作流脚本中包含多个任务。如果您在有关变量的部分中注意,您甚至知道如何将一个任务的输出连接到下一个任务的输入。...
配置文件模板以使用Cromwell运行WDL工作流 安装 是用于执行以 (工作流描述语言)编写的工作流的工具。 这些工作流可以在本地,HPC或云(例如GCP)环境中执行。 要安装Cromwell,您可以使用conda: conda create -...
WDL Scala工具 用于解析库,以及用于类型检查,代码格式化等的命令行工具。 抽象语法树(AST) wdlTools.syntax包为WDL实现了 。它使用最初由创建的OpenWDL 。 当前,已完全支持WDL draft-2、1.0、1.1和development...
生产月报表.WDL
品质检验表.wdl
标签: IOS管理
品质抽查记录.wdl