化学信息学 - 程序员宅基地

2022-2025学年面向中小学生的全国性竞赛活动官网

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蛋白质组学研究概述

欢迎使用Markdown编辑器写博客本Markdown编辑器使用StackEdit修改而来，用它写博客，将会带来全新的体验哦： Markdown和扩展Markdown简洁的语法代码块高亮图片链接和图片上传 LaTex数学公式 ...

SMILES | 简化分子线性输入规范

Simplified molecular-input line-entry system）是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，由David Weininger和Arthur Weininger于20世纪80年代晚期开发，并由其他人，尤其是日光化学信息系统有限公司修改和扩展...

大脑网络结构、功能和控制的物理学

标签：物理学生物物理学大脑

在这里，我们回顾了最近应对这一挑战的努力，利用物理学的直觉、模型和理论，跨越统计力学、信息论、动力系统和控制等领域。我们首先描述了在空间嵌入和能量最小化的约束下，以结构布线为例的脑网络架构的组织原则。...

Python脚本：聚类小分子数据集

标签： Python RDKit 化学信息学

聚类是一种有价值的化学信息学技术，用于将大型化合物数据集合细分为单个小组相似化合物。其中一个优点是处理非常大的小分子数据集时特别有用。通常用于分析高通量筛选结果、虚拟筛选或对接研究的分析。基于...

RDKit | 基于RDKit从分子中提取3D药效团特征

标签： RDKit python 化学信息学

从分子中提取3D药效团特征导入库 import os from rdkit import Geometry from rdkit import RDConfig from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import ChemicalFeatures from rdkit.Chem.Pharm3D import...

【原版教材•中英对照】牛津大学Atkins所著的物理化学第11版，更加直观易懂，你有了吗

物理化学 Author：Peter Atkins, Julio de Paula, James Keeler 下载地址：https://www.zhisci.com/pdfshow/15738 The exceptional quality of previous editions has been built upon to make this new edition of...

ansys里面自带chemkin_ANSYS CHEMKINPRO复杂化学反应快速仿真

标签： ansys里面自带chemkin

CHEMKIN-PRO是专为需要求解复杂反应机理的化学动力学模拟设计。先进的求解器和完整的功能允针对特定的应用开发快速和准确模型。Reaction Workbench是CHEMKIN-PRO模块的扩展，可以为燃烧设计工程师和科学家提供燃料...

人教版初中信息技术电子课本_电子课本|2020秋部编人教版初中化学九年级上册教材电子课本（高清更新可打印...

标签：人教版初中信息技术电子课本

部编人教版初中化学电子课本为了帮助更多的学生进行科学的学习，笔者对部编人教版初中化学上册的电子课本进行了归纳汇编，以方便更多的学生可以随时随地进行学习。教材蕴含着巨大的学习价值，希望学生们可以充分...

想学人工智能害怕数学？莫慌，入门很简单

标签： python 机器学习人工智能

自我介绍下：笔者是15级某非著名985研究生，开学之前加在校期间加起来差不多3年的机器学习经历，研究方向是图像识别。鉴于笔者有过机器学习的经历，身边时不时会有想进行机器学习的同学向我请教如何入门机器学习。...

RDKit | 基于Lipinski规则过滤化合物库

标签： Python Lipinski RDKit

往往当出现这种情况的时候，就涉及到药代动力学范畴，比如透膜性，代谢稳定性等除了小分子候补药物与靶蛋白结合能力以外必须要考虑的问题。尤其是口服的化合物，口服后需要考虑如何被消化器官吸收，如何通过...

工程伦理学_笔记(复习用)

工程伦理学第一章工程与伦理1.1 如何理解工程一、技术与工程的区别二、技术与工程的联系三、工程的定义四、工程的过程五、工程具有不确定性和探索性六、理解工程活动的7个维度1.2 如何理解伦理一、道德与伦理二、...

RDKit | 通过评估合成难度（SA Score）筛选化合物

标签： Python RDKit 化学信息学

无论如何获得先导化合物，评估候选先导化合物的合成难度都很重要。无论该化合物在计算机上的应用前景如何，实际上并未对其进行合成和评估。介绍SA score（SyntheticAccessibility score）作为评估化合物合成难易...

RDKit | 基于RDKit描述三维分子形状（3D描述符）

标签： RDKit 化学信息学 Python

近年来，表达分子的三维特征变得越来越重要。已经提出了许多3D描述符，这次将介绍它们中经常使用的三个，Fsp3，PMI和PBF。 Fsp3是分子复杂性的指标二甲基吡啶及其不饱和化合物二甲基哌啶中可以存在多少种异构体...

【RDKit】Python化学包RDkit的教程

标签： rdkit

RDKit能读取各种各样的化学结构文件，类和方法主要在rdkit.Chem.rdmolfiles这个模块下，因此需要先导入包 from rdkit import Chem 以sdf文件为例，官方给出了4种等价的读取方法，这些方法返回一个...

材料化学博士后->谷歌offer的转行总结 -- 转自一亩三分地

标签：自学成才编程学习出国留学

不知道发在这个版对不对，这篇文章记录了我转行的大致经过和心态的变化，希望对另一些正在经历同样过程的人有些许帮助。 ----------------------------------------------------...我的专业是材料化学，在读博期间就...

Pymol & BioPython | PDB文件中氨基酸序列的提取

标签：化学信息学生物信息学 Biopython

1. Pymol 当前目录下有一个PDB文件，利用pymol的命令模式： pymol receptor.pdb -c -d "save receptor.fasta" 2.BioPython from Bio import PDB ...structure = parser.get_structure('2FH7', '2FH7.p...

程序员也要学英语——词根词缀大全(陆续更新)

标签：学习

自己做的词根词缀整理，一起来学习英语吧

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标签：生物信息

用于查看分子图形的软件，适合化学，生物学，生物信息学的学生，查看分子图形。

RDKit | 比较分子之间的相似性

标签： RDKit 化学信息学 Python

比较分子之间的相似性获取结构和数据，将SMILES转换为RDKit分子对象，然后比较相似性。 1.导入python模块 import numpy as np import pandas as pd import seaborn as sns import matplotlib as ...

关于胶质母细胞瘤的影像组学和影像基因组学

标签：脑科学

影像组学和影像基因组学有望提供精确诊断、预测预后，并评估肿瘤对现代化疗、免疫治疗和影像治疗的反应。这是通过形态学、纹理和功能特征的三位一体实现的，这些定量体素级的高通量特征来自对MR图像提取。然而，采集...

【生信】全基因组测序（WGS）

标签： GWS 全基因组测序生物信息学

1、全基因组测序(WGS) 的定义 2、GWS流程 2.1准备工作——分析软件 2.2原始数据质控 2.3数据预处理 2.4变异检测

RDKit | 基于分子指纹的相似性图

标签： RDKit 化学信息学 Python

Similarity Maps 相似性图是一种可视化原子对分子和参考分子之间相似性的贡献的方法。相似性图可用于可视化和确认相似区域。导入库 from rdkit import Chem ...from rdkit.Chem.Draw import Similarity...

药物设计的深度学习

摘要过去的十年中，深度学习（deeplearning, DL）方法已经非常成功并广泛用于开发几乎每个领域的人工智能（AI）。与传统的机器学习（machine learning, ML）算...

计算机平面设计主要学什么，学习平面设计都有哪些课程？

计算机平面设计主要学什么，学习平面设计都有哪些课程？其实这个问题是很简单，但是呢，我认识的很多圈外的朋友和新手都说：计算机平面设计很简单、把PS学会就可以了；计算机平面设计太简单了，没技术含量…每次听到...

从零开始学Docker（超详细讲解+案例分析）

目录一、Docker概述1. Docker为什么出现2. Docker历史3. 对比虚拟化技术4. 为什么选择Docker引入Docker后：DevOps（开发、运维）二、Docker安装配置1. Docker的基本组成镜像(image)容器(container)仓库(repository)2...