ABCluster在linux系统下安装,教程在集群和作业系统上使用ABCluster(21页)-原创力文档...-程序员宅基地

技术标签: ABCluster在linux系统下安装  

教程:在集群和作业系统上

使用ABCluster

作者:张鋆

zhangjunqcc@

目录

• 前言

• 在Torque作业系统下运行串行isomer+Gaussian

• 在Torque作业系统下运行并行isomer+Gaussian

• 尾声

前言

前言

• ABCluster是一个效率极高并且使用方便的用于搜索化学

团簇的全局和局部极小点的软件。

• 本教程将讲述如何在计算机集群和作业系统上使用

ABCluster中的isomer和lego来进行大规模团簇搜索。

• 本教程默认读者已经熟悉ABCluster的简单用法。如果没

有,可以参考ABCluster的手册以及ppt教程:

/software-abcluster-download.php

普通方式运行ABCluster

• 如果读者有一台或者几台可以随便使用的服务器,那么直

接利用ABCluster其他教程中的步骤就可以直接进行搜索,

也就是用isomer或者lego调用Gaussian、DMol3来进行

局部优化和能量计算。

• 从2.0版本起,ABCluster可以跨节点并行。具体说,是利

用SSH命令连接到其他的机器来进行计算,而计算的顺序

则用ABCluster内部的一个微型排队系统实现。

计算机集群上运行ABCluster

• 如果读者在具有排队系统的集群上运行ABCluster,那么

一般情况下不能直接SSH调用计算化学程序,必须使用排

队系统提交作业。这时候,需要对ABCluster的脚本做一

些改动。

• 本教程目标机器:Linux集群与Torque作业系统

计算机集群组建

• 如果读者试图自己组建集群,可以参见(老教程,写于

2011年):

/theochem-clusterbuilding-ZH.php

在Torque作业系统下运行串行

isomer+Gaussian

B 的全局极小点,普通串行运行-

7

• 例子:搜索B 在B3LYP/6-31g(d)下的全局极小点-

7

b7.inp optfile

b7                  # Result file name %nproc=16

B 7                 # Cluster file name %mem=20GB

cube 3 3 2    # Structure types #N B3LYP/6‐31g(d) scf(xqc,novaracc)

30                # Maximal number of calculations opt(MaxCycles=100)

>>>>

xyz2gaussian optfile $inp$ > $xxx$.gjf opt

g09  $xxx$.log 2>/dev/null

gaussian2xyz $xxx$.log > $out$ ‐1 1

rm $xxx$.gjf $xxx$.log >>>>

>>>>

>>>>

• 普通运行:nohupisomerb7.inp>b7.out&

作业系统

• 现在要在集群上使用ABClsuter,集群使用的是Torque作

业系统。假设你的Torque系统用于提交Gaussian作业的

脚本如下,提交的命令为:qsubsubmit.pbs

#!/bin/bash

submit.pbs

#PBS ‐l nodes=1:ppn=32

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