技术标签: ABCluster在linux系统下安装
教程:在集群和作业系统上
使用ABCluster
作者:张鋆
zhangjunqcc@
目录
• 前言
• 在Torque作业系统下运行串行isomer+Gaussian
• 在Torque作业系统下运行并行isomer+Gaussian
• 尾声
前言
前言
• ABCluster是一个效率极高并且使用方便的用于搜索化学
团簇的全局和局部极小点的软件。
• 本教程将讲述如何在计算机集群和作业系统上使用
ABCluster中的isomer和lego来进行大规模团簇搜索。
• 本教程默认读者已经熟悉ABCluster的简单用法。如果没
有,可以参考ABCluster的手册以及ppt教程:
/software-abcluster-download.php
普通方式运行ABCluster
• 如果读者有一台或者几台可以随便使用的服务器,那么直
接利用ABCluster其他教程中的步骤就可以直接进行搜索,
也就是用isomer或者lego调用Gaussian、DMol3来进行
局部优化和能量计算。
• 从2.0版本起,ABCluster可以跨节点并行。具体说,是利
用SSH命令连接到其他的机器来进行计算,而计算的顺序
则用ABCluster内部的一个微型排队系统实现。
计算机集群上运行ABCluster
• 如果读者在具有排队系统的集群上运行ABCluster,那么
一般情况下不能直接SSH调用计算化学程序,必须使用排
队系统提交作业。这时候,需要对ABCluster的脚本做一
些改动。
• 本教程目标机器:Linux集群与Torque作业系统
计算机集群组建
• 如果读者试图自己组建集群,可以参见(老教程,写于
2011年):
/theochem-clusterbuilding-ZH.php
在Torque作业系统下运行串行
isomer+Gaussian
B 的全局极小点,普通串行运行-
7
• 例子:搜索B 在B3LYP/6-31g(d)下的全局极小点-
7
b7.inp optfile
b7 # Result file name %nproc=16
B 7 # Cluster file name %mem=20GB
cube 3 3 2 # Structure types #N B3LYP/6‐31g(d) scf(xqc,novaracc)
30 # Maximal number of calculations opt(MaxCycles=100)
>>>>
xyz2gaussian optfile $inp$ > $xxx$.gjf opt
g09 $xxx$.log 2>/dev/null
gaussian2xyz $xxx$.log > $out$ ‐1 1
rm $xxx$.gjf $xxx$.log >>>>
>>>>
>>>>
• 普通运行:nohupisomerb7.inp>b7.out&
作业系统
• 现在要在集群上使用ABClsuter,集群使用的是Torque作
业系统。假设你的Torque系统用于提交Gaussian作业的
脚本如下,提交的命令为:qsubsubmit.pbs
#!/bin/bash
submit.pbs
#PBS ‐l nodes=1:ppn=32
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