Chemistry.AI | 基于卷积神经网络(CNN)预测分子特性_DrugAI的博客-程序员宝宝

技术标签: 化学信息学  python  卷积神经网络  Life Sciences.AI  RDKit  深度学习  

CNN :Convolutional Neural Networks (卷积神经网络 )

 


环境准备

  • Python版本:Python 3.6.8
  • PyTorch版本:PyTorch1.1.0
  • RDKit版本:RDKit 2020.03.1

 

基于卷积神经网络(CNN)预测分子特性

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Crippen import MolLogP
import numpy as np
import torch
import time

载入数据

maxlen = 64
with open('smiles.txt') as f:
    smiles = f.readlines()[:]
    smiles = [s.strip() for s in smiles]
    smiles = [s.split()[1] for s in smiles]
    smiles = [s for s in smiles if len(s)<maxl
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